Badania naukowe w Instytucie Informatyki są prowadzone w następujących grupach badawczych:
Grupa Rozproszonych Systemów Komputerowych (DSRG),
Grupa Systemów Komputerowych (CSG),
Grupa Inteligentnych Systemów Informacyjnych (IISG),
Grupa Algorytmów i Systemów Adaptacyjnych (A2S).
W ramach działalności Instytutu funkcjonują również: